为了加强对医院污水污物的控制和实施新的环境标准体系，相关部门根据《医疗机构水污染物排放标准》制定了医院污水处理技术指南。例如梨园医院这样的综合医院应当执行二级处理工艺。　二级处理工艺流程为“调节池→生物氧化→接触消毒”。如果废水排入湖泊，则尾水需进一步深度处理。

医院污水一般通过化粪池进入调节池调节池前部设置自动格栅机。调节池内设提升水泵，污水经提升后进入好氧池进行生物处理，好氧池出水进入接触池消毒。

消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式，梨园医院采用了二氧化氯发生器和紫外光交替消毒的处理工艺，达到了《医院污水处理技术指南》中二级强化处理工艺流程要求。同时调节池、生化处理池、接触池的污泥及栅渣等污水处理站内产生的垃圾集中消毒外运降解处理。

梨园医院废水经处理后的水排入东湖，环评要求进行深度处理。格林公司将处理后的废水结合人工湿地进行景观处理，通过湿地中土壤、填料植物根系等对水中有机物和氮、磷等营养物质的滞留、吸附、降解作用，使出水达到地表水Ⅳ类标准。

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