污水处理公司利用Cl来对水进行消毒是至今仍被广泛采用的一种方法，人们对于它消毒的原理也比较熟悉。采用氯对水进行消毒，主要就是通过其中HClO的氧化作用进行杀菌，因为次氯酸HClO是一个很小的中性分子，因此它能够扩散到带有负电的细菌的表面，然后穿透细菌的细胞壁进入到细菌的内部，发挥其氧化的作用对细菌内的酶系统进行破坏从而杀死细菌。
液氯，是一种有毒的，腐蚀性很强的化学物质，因此，污水处理公司在对其进行运输或是贮藏及使用的过程当中，我们都必须要严格的管理，它通常情况下在比较大型的水处理厂中使用。氯制剂比起液氯来比较安全，但是漂白粉中有效的Cl很容易分解，造成使用的不方便性；NaClO不能够贮藏，必须在现场使用，而且其产气量也比较小，受到各方面的限制它的使用不是那么的普遍。Cl消毒能够以较快的速度杀死水中存在的细菌，成本也不是很高，但是污水处理公司在Cl消毒的过程当中很容易产生一些有害的物质，这些经过氯化了的有机污染物，形成有机氯化物之后不仅使得水容易产生异味，而且这种污染物有毒并致癌，对人的生命安全造成威胁。