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　　排污许可证应是政府的执法文件，排污单位的守法文书，也是其他政策手段实施的基础和平台。排污许可证制度将企业污染源所应遵循的所有要求明确化、细致化，具体到每个排污设备，规定了排污许可证申请、执行的排放标准、排放监测方案、达标的判别标准、记录要求、报告要求及违法处罚等内容。而这些标准的设立，都是根据相关的法律法规进行设立。一旦企业违反，在许可证上也会注明对企业进行的相应处罚。因此，排污许可更应像是一个“中介”，这个文件承载了各种法规，对污染源所有的要求通过排污许可证来表达传递到单个企业，具有极强的针对性。未来推广开来，对于防治企业污染来说，可谓是又一“重拳”。
　　
　　但是，目前在排污许可证制度落地过程中，仍有几点问题不能忽视。
　　
　　首先，大气污染、水污染、固废污染各自特性具有明显区别，因此在污染管理方式上也存在差异。大气、水污染的排放管理应按照区域或流域来进行，而固废污染具有局域性，应按照点源排放管理的形式来进行。污染物性质的不同，决定了许可证内容也不应该“一刀切”。
　　
　　其次，排污许可证的管理要避免地方主义的干预。以佛山市为例，排污许可证需要向环保部进行申请，经环保部审核后才能发放。但未来随着许可证制度工作的铺开，地方环保部门是否具有代发的权力？倘若由地方政府代发，到哪个层级才能最小程度避免地方干涉同时又提升发放效率？最终环保部是否要对代发进行审核？这些都需要在实践中进一步摸索。
　　
　　再次，与美国动辄几百页的排污许可证相比，我国现行的排污许可证只有几张纸，二者相差甚远。专家认为，目前我国的排污许可类似于一个排污申请。这种申请只是在现行的环保法律法规上新增了一项制度，而并非其整合集成。这样对于企业来说，要遵守的制度又多了一道，无形中增加了企业运营成本。